Od 2013 r., wraz z w wejściem w życie nowego rozporządzenia MEN z 28 lutego 2013 r. w spawie szczegółowych działań publicznych bibliotek pedagogicznych, dużą wagę w PBW w Gdańsku zaczęto przykładać do zadań związanych z organizowaniem i prowadzeniem wspomagania szkół i placówek w pracy dydaktycznej, wychowawczej i opiekuńczej, w tym w wykorzystywaniu technologii informacyjno-komunikacyjnej. W placówce macierzystej i w każdej filii odbywają się cyklicznie spotkania sieci współpracy i samokształcenia nauczycieli bibliotekarzy, które są okazją do dzielenia się dobrymi praktykami, wymiany doświadczeń, a także do wspólnego rozwiązywania problemów, z którymi spotykają się na co dzień nauczyciele w swojej codziennej pracy.
Wrzesień 2013 r. przyniósł zmiany w organizacji pracy placówki macierzystej, spowodowane decyzją organu prowadzącego o likwidacji stanowisk kierowników wydziałów. Pomimo dużych zmian i konieczności dostosowania się do nowych rozwiązań, PBW w Gdańsku nadal aktywnie włącza się w różnorodne działania na rzecz oświaty pomorskiej i odnosi sukcesy, poparte otrzymanymi wyróżnieniami, np. w grudniu 2013 r. instytucja otrzymała honorową odznakę „Przyjaciela Osób z Autyzmem”, przyznaną przez Stowarzyszenie Pomocy Osobom Autystycznym w Gdańsku, za udział w projekcie współfinansowanym ze środków Unii Europejskiej w ramach EFS Wsparcie dla Autyzmu II.